Новороссийская команда участвовала во всех розыгрышах Кубка России, кроме турнира 2005/06-го годов:
“Черноморец” принимал участие в 31-ом розыгрыше Кубка России и самым значимым достижением команды является выход в 1/4-ую финала в турнире 1993/94-го годов. Больше такого успеха команда не добивалась.
Советский период
“Цемент” принимал участие в 10 розыгрышах Кубка СССР. Семь из них пришлись на 60-ые годы. Самым высоким достижением новороссийской команды стал выход в 1/32-ую финала в розыгрыше Кубка СССР 1966/67. На первых стадиях “Цемент” обыграл пятигорский “Машиностроитель” 3:1, в дополнительное время крымский “Урожай” 4:1 в гостях, в Грузии в городе Зугдиди вырвал победу 2:1 у местной команды “Ингури”, а в финале 4-ой зоны РСФСР победил со счетом 4:3 в Новороссийске махачкалинское “Динамо”. Выйдя в 1/64-ую финала на всесоюзный уровень “Цемент” победил дома карагандинский “Шахтер”. Основное время матча завершилось вничью 1:1, а в дополнительное время победный гол забил Юрий Лян-Зи-Мин. В 1/32-ой финала в Новороссийск пожаловало кировобадское “Динамо”, представлявшее Азербайджанскую ССР и выступавшее классом выше “Цемента” в чемпионате СССР. 11-го мая 1967-го года на стадионе “Труд” новороссийская команда проигрывала после первого тайма со счетом 0:2, но во втором тайме Автандил Сабанадзе и Аведис Ватульян перевернули игру своими голами и перевели матч в дополнительное время, которое завершилось вничью 0:0. Пришлось командам на следующий день играть переигровку. 12-го мая основное время матча завершилось вничью 0:0, а в дополнительное динамовцы сумели забить единственный мяч, который стал для них победным.
После этого розыгрыша команды класса “Б” перестали включать в турниры и лишь в розыгрыше 1989/90-го годов “Цемент” вернулся в Кубок СССР. Команда сходу вышла в 1/16-ую финала, где по сумме двух матчей уступила одному из лидеров советского футбола минскому “Динамо”. Белорусские футболисты выиграли 1:0 и в Новороссийске и в Минске. В розыгрыше 1990/91-го годов “Цемент” добрался до 1/32-ой финала. Обыграв луганскую “Зарю” дома 2:0, в следующей стадии “Цемент”, пропустив два гола в дополнительное время уступил ростовскому СКА в гостях. И, наконец, в последнем розыгрыше Кубка СССР “Цемент” снова вышел в 1/16-ую финала. Победив сначала черкесский “Нарт” дома 3:0, а потом также в Новороссийске майкопскую “Дружбу” 2:1, “Цемент” вышел на знаменитый одесский “Черноморец”. В первом матче в Новороссийске наши земляки уступили со счетом 0:3, а в Одессе проиграли 0:2.
Российский период
В первом же розыгрыше Кубка России “Цемент”, переименованный в “Гекрис” проиграл в городе Прохладный местному “Кавказкабелю” со счетом 0:2 на стадии 1/64-ой финала. Зато следующий розыгрыш Кубка ССР стал самым удачным на данный момент для нашего клуба. В 1/128-ой финала была обыграна в гостях со счетом 2:1 бараниковская “Кубань”. Затем, “Гекрис” выиграл у анапского “Спартака” дома 1:0. В 1/32-ой финала дома была повержена со счетом 4:1 майкопская “Дружба”. Кстати, это был кубковый матч, в котором в самом молодом возрасте за новороссийский клуб дебютировал Владимир Бут. На тот момент ему оставалось чуть больше, чем два с половиной месяца до своего шестнадцатилетия. А вообще, Владимир Бут впервые сыграл за профессиональную команду 30-го августа 1992-го года, когда ему было 14 лет и 357 дней, но это уже совсем другая история. Возвращаясь к розыгрышу Кубка России 1993/94-го годов стоит отметить, что в 1/1-ой финала “Гекрису” предстоял очень сложный матч с сочинской “Жемчужиной”. Основное время матча завершилось вничью 1:1. Дополнительное время победителя не выявило, а в послематчевых пенальти точнее были новороссийцы 4:3. В 1/8-ой финала новороссийская команда отправилась в гости к “Ростсельмашу”. В тот год клубы синхронно вышли в Высшую лигу, но до этого момента было еще далеко, а в кубковом поединке сильнее оказались новороссийцы, 2:1. На гол Александра Бородкина, открывшего счет на 5-ой минуте, двумя выстрелами ответили Лев Березнер на 23-ей минуте и Сергей Бурдин на 83-ей. В 1/4-ой финала 13-го апреля 1994-го года в Новороссийск приехала владикавказский “Спартак”. Этот матч новороссийцы уже проводили под названием “Черноморец”. Осетинская команда уже тогда была одним из лидеров российского футбола, но гости не без труда обыграли “Черноморец”, открыв счет на 15-ой минуте. Отличился Мирджалол Касымов. На 63-ей минуте мог сравнять счет Эдуард Саркисов, но полузащитник не реализовал пенальти, а на 77-ой минуте Марат Дзоблаев забил второй гол в ворота Сергея Смелова.
В следующих розыгрышах Кубка “Черноморец” практически постоянно доходил до 1/16-ой финала, где оступался и покидал турнир.
Кубок России 2004/05 – 1/8 финала
Кубок России 2003/04 – 1/16 финала
Кубок России 2002/03 – 1/16 финала
Кубок России 2001/02 – 1/16 финала
Кубок России 2000/01 – 1/16 финала
Кубок России 1999/00 – 1/16 финала
Кубок России 1998/99 – 1/16 финала
Кубок России 1997/98 – 1/16 финала
Кубок России 1996/97 – 1/16 финала
Кубок России 1995/96 – 1/8 финала
Кубок России 1994/95 – 1/32 финала
В розыгрыше 2004/05 годов новороссийская команда сенсационно прошла в 1/16-ой финала московский “Локомотив” и вышла на пермский “Амкар”. К сожалению, из-за того что клуб лишился профессионального статуса, ему было засчитано поражение, а следующий розыгрыш Кубка России “Черноморец” пропустил. Вернувшись в розыгрыше 2006/07-го годов новороссийская команда в Кубке России не блистала вплоть до турнира 2018/19-го годов:
Кубок России 2017/18 – 1/32 финала
Кубок России 2016/17 – 1/32 финала
Кубок России 2015/16 – 1/128 финала
Кубок России 2014/15 – 1/32 финала
Кубок России 2013/14 – 1/128 финала
Кубок России 2012/13 – 1/64 финала
Кубок России 2011/12 – 1/32 финала
Кубок России 2010/11 – 1/16 финала
Кубок России 2009/10 – 1/32 финала
Кубок России 2008/09 – 1/32 финала
Кубок России 2007/08 – 1/32 финала
Кубок России 2006/07 – 1/256 финала
В Кубке России 2018/19 “Черноморец” сумел в 1/16-ой финала привезти в Новороссийск московский “Спартак” и спустя многие годы снова забить стадион под завязку. В упорной борьбе команда второй лиги уступила представителю премьер-лиги с минимальным счетом 0:1. В следующем розыгрыше в Новороссийск на той же стадии приехал еще один представитель премьер-лиги – екатеринбургский “Урал”. Розыгрыш 2020/21-го годов прошел по новому формату с групповым этапом. “Черноморец” туда попал и сыграл два матча в Новороссийске с командой первого дивизиона хабаровским СКА и командой премьер-лиги казанским “Рубином”. Казалось, что и в следующем розыгрыше Кубка России “”черноморец” сумеет пройти достаточно далеко, но в дело вмешалась эпидемия ковида и бело-синие без боя уступили новокубанскому “Биологу”. Матч отменили, а “Черноморцу” засчитали поражение. В розыгрыше Кубка России 2022/23-го годов из-за обновленного формата привезти команду премьер-лиги в Новороссийск у “Черноморца” было очень мало. В 1/32-ой финала новороссийская команда обидно уступила на своем поле представителю первого дивизиона красноярскому “Енисею” 0:1. В текущем розыгрыше Кубка России новороссийская команды выступает уже, как клуб первой лиги. В 1/32-ой финала “Черноморец” обыграл в гостях новокубанский “Биолог” 2:1 и теперь в 5-ом раунде Пути регионов встретится дома с челнинским “КАМАЗом”.